Problèmes politiques et nouvelles fondations
En 1901, le gouvernement français ordonna à toutes les congrégations religieuses à faire l’émargement de leurs maisons et ouvrages. Le Conseil d’état jugea que la Congrégation du Saint-Esprit avait cessé d’exister en 1845 et que, puisque la Société du Sacré Cœur de Marie n’avait jamais été officiellement reconnue, la Congrégation en France devait clore et ses membres devaient retourner à leur diocèse d’origine.
Cependant, Mgr. Le Roy écrivit un mémorandum pour le Conseil d’état qui démontrait qu’il fut le Sacré Cœur de Marie qui fut supprimé en 1845, et alors que la décision récente était basée sur des informations erronées. Le Conseil d’état s’accorda à unanimité de révoquer sa décision.