Nascido em 6 de junho de 1871, em Glankeen, Borrisoleigh, Condado de Tipperary, na Irlanda, filho de uma devota família católica, Joseph Shanahan foi aceito para escola apostólica da Congregação Espiritana, no Norte da França.
Em 1889, foi transferido para o juvenato francês da Congregação em Cellule, na Auvergne. Depois de 11 anos, estava impregnado da tradição francesa da Congregação com sua orientação clara direcionada para serviço em missões estrangeiras.
Joseph fez seus votos no domingo de Páscoa de 1898 e sua ordenação ocorreu em 22 de abril de 1900 na capela de Colégio Blackrock. Em meados de julho de 1902, Pe.Shanahan tinha recebido a sua designação para a Nigéria com o propósito de ajudar o Pe. Leon Lejeune a fabricar tijolos para a construir a primeira casa propriamente dita da missão em Onitsha.